多平台、多方法RNA文库构建

 

RNA是以DNA的一条链为模板,以碱基互补配对原则,转录而形成的一条单链,主要功能是实现遗传信息在蛋白质上的表达,是遗传信息传递过程中的桥梁,主要存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中。

众所周知,total RNA中95%以上都是核糖体RNA(rRNA),可rRNA却非常保守,在不同的组织、器官当中的表达极度稳定; 而只占total RNA总量2%-3%的mRNA在RNA当中信息含量却最为丰富,因此mRNA成为人们在科学研究中的重要关注点。


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组织或细胞总RNA中各种RNA分布饼状图



而某个物种的特定组织或细胞在某一生理功能状态下发生的mRNA产物的转录,即转录组,是基因组遗传信息传递和表达的重要步骤和过程。

通过高通量mRNA测序可以获得大量转录本序列信息,定量基因转录表达水平,获得基因组转录区域及其位点信息等,在基因组序列拼接注释、样品间基因转录差异表达及其功能研究等方面有重要作用。可从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已被广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

RNA样本的建库质量对于后续上机测序至关重要,可直接影响后续结果的分析。因此,一个好的建库试剂盒对于RNA测序至关重要。全式金目前已推出3款RNA建库试剂盒,分别适用于Illumina和MGI平台,均具有高数据质量、高文库转化率的特点。


常规RNA建库


 TransNGS® RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina®

本产品是针对Illumina高通量测序平台开发的可用于构建链特异性或非链特异性转录组文库的试剂盒,在5 h之内可将1-100 ng处理后的RNA构建成高质量的测序文库,得到的文库产量高、信息完整。

 文库构建原理示意图


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 与竞品的比较

1 μg、100 ng 人血总RNA样品去除rRNA后(TransGen, KD101),分别使用TransGen、Company N和Company V建库产品进行建库测序及分析,结果表明,TransGen产品在测序数据质量、基因表达水平以及相关性方面与竞品相比,性能一致。

 测序数据质量


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 比对区域分布


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 基因表达及差异分析


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 相关性分析


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快速RNA建库  

              

  TransNGS® Fast RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina® 

本产品是针对Illumina高通量测序平台开发的专用于构建链特异性或非链特异性转录组文库的试剂盒,可一步完成二链合成、末端修复与加A反应,中间不需要纯化步骤,极大地简化了操作流程,缩短了建库时间,可在4 h之内将0.1 ng-100 ng处理后的RNA构建成高质量的测序文库,得到的文库产量高、信息完整。

 文库构建原理示意图


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 与竞品的比较

使用 mRNA 纯化试剂盒对人、小鼠、小麦和烟草的总RNA进行mRNA捕获,其中人和小鼠投入200 ng总RNA,小麦和烟草投入1000 ng总RNA;分别使用TransGen和Company V建库试剂盒进行RNA文库构建,文库分选后检测文库产量、峰型,并进行测序分析。

 文库产量



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 建库峰型


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测序数据质量


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相关性分析


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   TransNGS® Fast RNA-Seq Library Prep Kit for MGI®

本产品是针对MGI高通量测序平台开发的专用于构建链特异性或非链特异性转录组文库的试剂盒,可一步完成二链合成、末端修复与加A反应,中间不需要纯化步骤,极大地简化了操作流程,缩短了建库时间,可在4 h之内将0.1 ng-100 ng处理后的RNA构建成高质量的测序文库,得到的文库产量高、信息完整。

 文库构建原理示意图


1.png


 与竞品的比较

使用mRNA纯化试剂盒对人、小鼠和拟南芥的总RNA进行mRNA捕获,其中人和小鼠投入200 ng总RNA,拟南芥投入1000 ng总RNA;分别使用TransGen和Company V建库试剂盒进行RNA文库构建,文库分选后检测文库产量、峰型,并进行测序分析。结果表明,TransGen产品与Company V产品性能一致。

文库产量


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建库峰型


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测序数据质量


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相关性分析


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相关产品推荐


   TransNGS® rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

产品特点   

 可有效去除人/小鼠/大鼠高达99%的ribosomal RNA。

 提供Control qPCR Primer Sets,检测去除前后ribosomal RNA和非ribosomal RNA含量的变化。

测序数据质量

1 μg人(Human, H)、小鼠(Mouse, M)和大鼠(Rat, R)总RNA样品,分别使用TransGen和Company K产品去除rRNA后,进行建库(TransGen, KP601)测序及分析,结果表明,TransGen产品在测序数据质量上与竞品相比,性能一致,甚至优于竞品。


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 TransNGS® rRNA Depletion Kit (Bacteria)

产品特点   

 可有效去除各种细菌高达99%的ribosomal RNA。

 操作简便。

测序数据质量

2 μg大肠杆菌(Escherichia coli, E. coli)总RNA样品,分别使用TransGen、Company V和Company I产品去除rRNA后,进行建库(TransGen, KP601)测序及分析。结果表明,TransGen产品在测序数据质量上与竞品相比,性能一致。


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 成功测试菌种 (rRNA Rate < 5%)


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 TransNGS® rRNA Depletion Kit (Animal)

产品特点   

 可有效去除各种动物高达99%的ribosomal RNA。

 操作简便。

测序数据质量

2 μg斑马鱼(Zebra fish, Zebra) 总RNA样品,分别使用TransGen和Company I产品去除rRNA后,进行建库(TransGen, KP601)测序及分析,结果表明,TransGen产品在测序数据质量上与竞品相比,性能一致。


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成功测试物种 (rRNA Rate < 10%)


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  MagicPure® mRNA Kit

产品特点   

 操作简单。

提取mRNA得率高,纯度高。

适用于磁棒式高通量核酸提取仪。

文库产量

分别使用TransGen和Company V产品对人、大鼠、小鼠、烟草、百合、番茄、大豆、拟南芥、小麦和水稻的总RNA进行mRNA捕获,其中人、大鼠和小鼠投入200 ng总RNA,其他物种投入1000 ng总RNA;使用建库试剂盒 (TransGen, KP701) 进行RNA文库构建后检测文库产量。


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产品信息



产品名称

目录号

规格

TransNGS® RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina® 

KP601-01

12 rxns

KP601-02

96 rxns

TransNGS® Fast RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina® 

KP701-01

12 rxns

KP701-02

96 rxns

TransNGS® Fast RNA-Seq Library Prep Kit for MGI® 

KP801-01

12 rxns

KP801-02

96 rxns

TransNGS® rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)  

KD101-11

12 rxns

KD101-02

24 rxns

KD101-03

96 rxns

TransNGS® rRNA Depletion Kit (Bacteria)

KD201-11

12 rxns

KD201-02

24 rxns

KD201-03

96 rxns

TransNGS® rRNA Depletion Kit (Animal)

KD301-11

12 rxns

KD301-02

24 rxns

KD301-03

96 rxns

MagicPure® mRNA Kit

EC511-01

24 rxns

EC511-02

96 rxns

TransNGS® Circularization Kit For MGI®

KC101-01

12 rxns

KC101-02

96 rxns

MagicPure® RNA Beads

EC501-01

1 ml

EC501-02

5 ml

EC501-03

60 ml

TransNGS® Library Amplification SuperMix

KA101-01

1 ml

KA101-02

5×1 ml

TransNGS® Library Quantification Kit for Illumina®

KQ101-01

100 rxns

KQ101-02

500 rxns

TransNGS® Library Quantification qPCR SuperMix

KQ201-01

1 ml

KQ201-02

5×1 ml

TransNGS® Library Quantification DNA Standards (S1-S6)

KS101-21

50% , 120 μl each

TransNGS® Library Dilution Buffer

KB101-01

5×1 ml

TransNGS® Single Index Primers Kit for Illumina® (Set 1)

KI201-01

48 rxns

KI201-02

96 rxns

TransNGS® Single Index Primers Kit for Illumina® (Set 2)

KI211-01

48 rxns

KI211-02

96 rxns

TransNGS® Single Index Primers Kit for Illumina® (Set 3)

KI221-01

96 rxns

KI221-02

192 rxns

TransNGS® Dual Index Primers Kit for Illumina® 

KI231-01

48 rxns

KI231-02

96 rxns

TransNGS® Index Primers (384) Kit for Illumina®

KI241-01

96 rxns

KI241-02

384 rxns

TransNGS® UDI Indexed Adapter Kit for Illumina® 

KI341-01

192 rxns

KI341-02

384 rxns

TransNGS® 384 UDI Indexed Adapter Kit for Illumina®

KI351-01

192 rxns

KI351-02

384 rxns

TransNGS® Indexed Adapter Kit for MGI® 

KI401-S1-3-01

10 μl/Index

KI401-S1-3-02

40 μl/Index


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